卷一四诊总括察色听声审病切脉虎口三关部位脉纹形色初生门（上）拭口（附下胎毒法）断脐浴儿藏胎衣法天德月空剃头不啼不乳眼不开吐不止不小便不大便大小便不通肛门内合噤口撮口脐湿脐疮脐突脐风天钓内钓盘肠气痛卷二
序序论第一果实第二（二十九条）菜蔬第三（五十八条）谷米第四（二十七条）鸟兽第五（四十条）
卷一第一证 伤寒脉证总论歌第二证 伤寒病证总类歌第三证 表证歌第四证 里证歌第五证 表里寒热歌第六证 表里虚实歌第七证 急救表里歌第八证 无表里证歌第九证 表里水歌第十证 表里两证俱见歌第十一证 三阴
黄帝内经素问序重广补注黄帝内经素问序自序新刻叙卷一 养生上古天真论一四气调神论二金匮真言论三生气通天论四阴阳应象论五卷二 脏象十二脏相使论六五脏别论七五脏生成论八脏气法时论九宣明五气十卷二 脉法经脉别
治法总论用药歌血头行走穴道歌左右论药中禁忌穴名药名全身门第一头面门第二身中门第三脊背门第四腿足门第五金创门第六杖伤附通用门第七跌损妙方书后谨跋
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分第6部分
自序卷一·温病方论春温集补证治并方附：风温附：冬温附：温疟附：温毒发斑附：医案三则春温病论温热病脉论温病方五道附：集方二十九道卷二·热病方论夏热集补证治并方总论温热死脉死证附：湿温附：阳毒发斑附：阴毒
叙卷一肿疡（谓疮疡未出脓者）溃疡(谓疮疡已出脓者)溃疡作痛卷二溃疡发热(附恶寒)发背脑疽卷三鬓疽时毒(谓毒发于面鼻耳项)疔疮臀痈(附腿痈并腿痛香港脚)卷四脱疽肺痈肺痿肠痈卷五瘰流注疮疡作渴作呕卷六咽喉
自序卷上痈疽原委论痈疽治法总论治病则例歌痈疽灸法并禁灸疮穴论病生死法察形色顺逆病有三因受病主治不同论调理须知杂忌须知疮疡看法肿疡治法溃疡治法痈疽诸症疮名十律炼元明粉法取蟾酥法制附子法制炒诸药仙方活命饮
自序凡例（六则）卷一 中风门中风（类中导入）卷二 诸伤门伤寒暑（参绪论暑证）湿（湿热）燥火伤饮食劳倦虚损（传尸）卷三 寒热门发热热潮热恶寒（背恶寒）振寒战栗寒热疟厥卷三 诸气门上气郁痞满腹满水