卷一经候门经闭痛经潮热、蒸热、寒热鼻衄带下崩漏阴肿门卷二种子门卷三胎前门恶阻胎动不安漏胎心腹胀满
内容玉石类丹砂云母玉泉钟乳矾石硝石朴硝石石胆空青太一禹余粮白石英紫石英五石脂赤符黄符白符黑符白青扁青雄黄硫黄水银磁石凝水石阳起石孔公孽理石长石白矾石戎盐卤咸白垩石流赤草木类菖蒲菊华人参术菟丝实牛膝委萎
和序廉序吴序罗序自序卷上决证诗赋观形气及幼攻补戒毁同道为医先去贪嗔辨证早决安危五色主病诊脉明证议金银薄荷胎寒藏寒胎热弄舌舒舌脐风脐突夜啼急惊天钓急惊后如疟慢惊搐证诸风毒破血伤风伤积惊积诸热吐泻伤寒伤风
原序上卷桂枝汤证桂枝汤证其一桂枝汤证其二桂枝汤证其三桂枝汤证其四（附列门人治验）桂枝汤证其五（附列门人治验）桂枝汤证其六（附列门人治验）麻黄汤证麻黄汤证其一麻黄汤证其二麻黄汤证其三麻黄汤证其四葛根汤证
叙卷上卷上一卷上二卷上三卷上四卷上五卷上六卷下卷下一卷下二卷下三卷下四卷下五
伤寒微旨论
序针经标幽赋流注通玄指要赋针经直说络说交经辨气血问答手足三阴三阳表里支干配合流注八穴序定八穴所在真言补泻手法夫妇配合古法流注杂忌法针灸避忌太一之图序冬至叶蛰宫说附∶针灸杂说窦汉卿流注指要后序
重修本草之记重修证类本草序政和新修经史证类备用本草序证类本草所出经史方书卷第一嘉补注总叙本草图经序开宝复位序唐本序梁·陶隐居序上合药分剂料理法则补注所引书传林枢密重广本草图经序雷公炮炙论序新添本草衍义
叙自叙凡例医学集成卷一阴阳诸论天地阴阳人身阴阳病有阴阳药有阴阳阴虚证论阳虚证论先天解说后天解说丹田解说五行生克五脏六腑脏腑表里脏腑所属足六经辨手六经辨十二经络寸关尺解六部脉解脉定至数脉定权衡浮沉统属（
《汤液本草》序一《汤液本草》序二《汤液本草》后序卷之一五脏苦欲补泻药味脏腑泻火药东垣先生药类法象用药法象药性要旨气味浓薄寒热阴阳升降图（缺）升降者天地之气交用药升降浮沉补泻法五味所用药类法象标本阴阳论