卷一针道源流针灸直指针灸方宜始论刺热论刺疟论刺咳论刺腰痛论奇病论刺要论刺齐论刺志论长刺节论皮部论经络论骨空论刺水热穴论调经论缪刺论经刺论巨刺论手足阴阳流注论卫气行论诊要经终论刺禁论刺法论五刺应五脏论：
序卷一初诞法护养法噤风撮口脐风脉法变蒸肝脏心脏脾脏肺脏肾脏卷二面上症发搐目睛动唇口蠕动惊搐目直睡中惊动目动咬牙摇头便血偏风口噤角弓反张卷三急惊慢惊惊痫惊风天钓内钓盘肠气痛胎惊胎风五软五硬卷四风热风症痉
医经读
医巫闾子医贯序卷之一玄元肤论内经十二官论阴阳论五行论论五行各有五卷之二主客辨疑中风论王安道中风辨口眼 斜厥伤寒论温病论郁病论卷之三绛雪丹书血症论附方卷之四先天要论（上）八味丸方张仲景八味丸用泽泻论水火
徐序自序凡例卷之一提纲门中风似中风伤风中寒暑症湿症燥症火症卷之二内因门气症血症痰症饮症伤食伤酒郁症脾胃劳倦虚损痨瘵虫病卷之三外体门发热恶寒汗病疟疾斑疹黄病水肿破伤风疠风痹症痛风麻木病卷之四上窍门眩晕头
自序卷一·温病方论春温集补证治并方附：风温附：冬温附：温疟附：温毒发斑附：医案三则春温病论温热病脉论温病方五道附：集方二十九道卷二·热病方论夏热集补证治并方总论温热死脉死证附：湿温附：阳毒发斑附：阴毒
序祭神应王文岐伯阴阳脉例洁古老人内伤三阴例海藏老人内伤三阴例伤在少阴伤在太阳阴阳寒热各从类生服药同象伊芳尹汤液论例扁鹊仲景例仲景阴证论例易老法霍乱吐泻足阳明总摄六经霍乱与少阴寒热同候叔和阴脉例活人阴脉
幼科类萃
《滇南本草》序一《滇南本草》抄本跋《滇南本草》抄本后序重刊《滇南本草》序《滇南本草》序二第一卷石莲花木贼贯众七星草石苇白果松节、松笔头、松香、地盘松球侧柏叶玉兰花野棉花云连白芍、赤芍牡丹皮鸡头实荷叶藕
序序卷一太阳篇卷二阳明篇卷三少阳篇卷四太阴篇卷五少阴篇卷六厥阴篇